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类历史悠久而又强韧地延续下去，不分魔术、科学，集聚了各领域精英研究者的研究所兼观测所——观测这个仅靠魔术则无法窥全貌，而仅靠科学又无法衡全盘的世界。
西历1950年，现象记录电脑使魔拉普拉斯研究成功。
西历1990年，拟似地球环境模型迦勒底亚斯完成。
西历1999年，近未来观测透镜示巴完成。
西历2004年，守护英灵召唤系统命运完成。
西历2015年，灵子演算装置特里斯墨吉斯忒斯完成。
人理延续保障机构不断完成辉煌的成果，得以保证人类史将来100年内的安全……本来，应当是这样的。
2015年。示巴所观测到的未来领域毫无前兆地消失。根据计算，发现——不，是证明了人类将于2016年灭绝。而就在迦勒底的学者们锁定了“导致人类未来消失的原因”之处，冒险决定启动尚在试验之中的第六实验——回到过去的时间旅行，借以这种手法，介入事象、寻找历史奇点，究明真相或予以破坏，保卫人类的未来。
被甄选出执行计划之人统称为「御主」，共48名。但是，在一场人为的爆炸之后，正在准备进行转移的御主全军覆没。即使紧急抢救出几位仍保留有微弱生命迹象的御主，他们目前也只能呆在医疗救护装置中等待也许会出现的苏醒的希望。
不仅失去了所长，连尝试挽救的机会（御主）也不复存在，极端走投无路的处境之下，迦勒底现存的工作人员决定利用灵子演算装置，反向召唤，试图从万千交错的时空世界线中寻找出可能存在的御主适任者。
因此，当转换装置逐渐发亮，可见状态的灵子开始在空气中汇聚、甚至卷起了小型的狂风之时，从爆炸中存活下来的几位迦勒底幸存人员几乎都屏住了呼吸，心脏也前所未有紧张地剧烈跳动起来——不知从何而来的微薄的樱花香气就这么被在场人员轻而易举的无视了。
冥冥之中，似乎有什么同此间场所的存在缔结了契约般的联系。在卷积起的风压之中，灵子与荧光交织出那位回应了迦勒底绝望呼唤的御主的身形。那是、实为由彼方而来，来到此方，被时光与人类幻想所编制并歌颂的——
与不知从何而来的玫红色花瓣同时悠悠荡在空中的，还有那名御主率先开口说出的话语：“我是阿苏神社的萤丸。锵！所谓的压轴登场呢！”
……啊？
…………啊嘞？？
而那位御主——在光
