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受曾国藩指挥。这一套系统，开近代军阀制度“兵为将有”之先河，成为清代兵制一大变革。最直接的后果，就是导致湘军具有很强的排他性，除了曾国藩外，旁人很难指挥得动。曾国藩坐了一年多冷板凳后，战局恶化，湘军将领完全不服清廷调遣，咸丰皇帝才不得不再次起用曾国藩，但仍然对他心存顾忌，未把他所希望得到的两江总督位子给他。
直到咸丰十年（1860），清廷用来围困太平天国京师天京的江南、江北大营彻底瓦解，已经到了无兵可战、无饷可发的绝境，咸丰皇帝才被迫让步，不得不将镇压太平天国的希望完全放到曾国藩等汉人大臣身上。他这一生中，最不能放心的有两个人，第一个是他的弟弟奕訢，第二个便是曾国藩。要说不放心的程度，曾国藩尚排在奕訢之上。可是皇帝现在却要倚靠一个他最不能放心的人来挽救清朝统治，这实在是历史绝大的讽刺。
咸丰十年（1860），在御前大臣肃顺（清朝宗室，镶蓝旗人，郑亲王乌尔恭阿第六子，郑亲王端华之弟）的倾力推荐下，曾国藩终于如愿以偿，被任命为两江总督，统辖江苏、安徽、江西、浙江四省军务，巡抚、提督以下悉归节制，从此集军、政、财权于一身，成为清军镇压太平天国的最高统帅。
具有讽刺意义的是，恰好就是在这一年，英法联军进犯北京，闯入圆明园，大肆抢掠之后，将这座中外驰名、精美绝伦的“万园之园”付之一炬。圆明园的命运浸透着那个时代的风雨烟尘。最美好的东西，却被以最粗暴的方式毁灭——在战乱岁月，中国的人和物的命运常常如此。不过，最具有讽刺意义的是，当外国强盗们将圆明园烧成残垣断壁的时候，在中原腹地两江，号称大清中兴第一名臣的曾国藩却正在倾尽全力围剿太平天国。
曾国藩在两江总督的位子上一坐就是五年。这期间，湘军已经攻破天京，曾国藩被封为一等勇毅侯，成为清代以文人封武侯的第一人。他随即被任命为钦差大臣，调去围剿捻军，由李鸿章接替他做了两江总督。不过，李鸿章两江总督的位子还没坐热，曾国藩因围剿捻军无功，被免去钦差大臣职务，改由李鸿章接任，曾国藩又重新回来做了两江总督。
“捻”本为淮北方言，意为一股、一伙。捻子（又称捻党）则为明末清初兴起于淮河流域的一个秘密民间组织，后逐渐扩大到山东、河南、苏北等地，成员主要为贫苦农民、小手工业者、盐贩、渔贩、游民等。一股少则数十人，多则数百人，称为一捻，首领称为“捻头”或是“趟主”。各捻之间互不统属，
