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马新贻被刺后，金陵城中的大小官员处于极度的恐慌和茫然的愤怒中，这并非他们对马新贻感情深厚，而是忧惧朝廷怪罪，陷于了神经质的苦恼。
与审讯官员惊慌失措形成鲜明对照的是，刺客张文祥相当沉着镇定。正因为他的态度太过泰然自若，一时间令人怀疑他的来历。张文祥被当场逮捕后，先被押到江宁府衙门等候审问。江宁将军魁玉看过马新贻的伤势后，随即开始审问张文祥。张文祥虽然一副桀骜不驯的态度，但开头也很爽快地回答了魁玉的问题，供称自己是河南人，对刺杀马新贻的行为也供认不讳，但对自己的行刺动机却闪烁其词，坚不吐实。魁玉便下令将张文祥带往上元县（江宁府分上元、江宁两县，同城分治）严刑讯究。
先后审讯张文祥的，有上元知县张开祁、江宁知县萧某某、臬司梅启照、理藩司孙衣言等人。据说张文祥供词出来后，参审官员面面相觑，录供者停笔不敢记录。魁玉将初审结果急报朝廷，告知张文祥“直认行刺不讳，而讯其行刺之由，尚属支离狡诈”。之后的一个多月，魁玉每次奏报都不离“一味闪烁”、“语言颠倒”、“反复屡变”等词。那么，张文祥“闪烁”的是什么？“颠倒”的是什么？“屡变”的又是什么呢？魁玉对此没有奏报。而事实则是，有人用酷刑逼张文祥更改口供，而张文祥不肯答应，这才是口供“支离”的真实情况。
这样的结果，当然不能令朝廷满意，王公大臣也纷纷议奏。给事中王书瑞上奏说：“督臣遇害，疆臣人人自危，其中有牵掣窒疑之处，应派亲信大臣彻底根究，勿使稍有隐饰。”慈禧太后深以为然，于是立即以五百里加急的上谕发出，命漕运总督张之万赴江宁会审。此谕刚发，接着又发出密旨，再三叮嘱说：“此事案情重大，断不准存化大为小之心，希图草率了事。”
漕运是中国历史上一项重要的经济制度，为历代封建王朝所采用。它的核心是利用水道（河道和海道）来调运粮食，称漕粮，一般是运往京师，供宫廷消费、百官俸禄、军饷支付和民食调剂。清朝在八大总督之外，专设漕运总督和河道总督，漕运总督管漕粮运输，河道总督管河道和运河工程，一般由一品大员担任。
张之万是张之洞（后担任过两江总督）堂兄，刚好与马新贻同科，均为道光二十七年进士，而张之万还是这一榜的状元。有意思的是，他有个不雅的外号，叫做“磕头状元”，因为他每天临睡前都要下跪、磕头一百次。据张之万自己的说法，这样可以活动腰腿、运行气血，达到健康长寿的目的，集
