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理登基时，纳瓦尔议会要求他参加加冕仪式（成为纳瓦尔的查理四世），但这一要求未得到回应，议会不断积累不满。
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尽管西班牙人对帝国风格感到不安，但还是接受了查理为君主。
西班牙的各个王国传统都不相同。
卡斯蒂利亚已经成为一个专制的、高度集权的王国，君主自己的意志很容易凌驾于立法和司法机构之上。
相比之下，在阿拉贡王室，尤其是在比利牛斯山脉的纳瓦拉王国，法律盛行，君主制被视为与人民的契约。
这给查理五世和后来的国王带来了诸多不便和争议，因为特定王国的传统限制了他们的绝对权力。
在查理统治期间，政府变得更加绝对，尽管在他的母亲于1555年去世之前，查理并没有掌握国家的绝对权力。
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很快，对皇帝的抵抗就出现了，为了支持卡斯蒂利亚人对外国战争而征收的重税，而卡斯蒂利亚人对这些战争兴趣不大。
查理倾向于选择弗拉芒人担任卡斯蒂利亚和美洲的高级职位，而忽视了卡斯蒂利亚的候选人。
抵抗运动以之前提到的公民起义（Revolt of the Comuneros） 达到l了高潮，查理镇压了这场起义。
这次起义释放了乔安娜，并希望废黜查理，支持乔安娜成为唯一的君主。
虽然乔安娜拒绝废黜她的儿子，但她的监禁在起义后继续进行，以防止可能发生的类似事件。
在镇压卡斯蒂利亚叛乱后，查理又面临纳瓦尔（Navarre）的问题，亨利二世国王（King Henry II）试图重新征服该王国。
主要军事行动持续到1524年，当时洪达里比亚（Hondarribia）向查理的军队投降，但在1528年前，西比利牛斯山西部的频繁跨境冲突仍在继续。
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在这些事件之后，纳瓦尔在接下来一个世纪仍然是国内外争议的焦点（法国对王位的继承权主张直至1830年七月革命才结束）。
查理希望他的儿子和继承人菲利普二世与纳瓦尔的继承人让娜·德·阿尔布雷特 （Jeanne d'Albret）结婚。
让娜反而被迫嫁给了朱利希-克莱夫斯-贝格公爵威廉，但那段没有孩子的婚姻在四年后被取消。
她又嫁给了安托万·德·波旁 （Antoine de Bourbo
