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整以及新设，最终，改革之后的雾隐村，一共是有着暗部、行政部、任务部、外务部、财政部、教育部、警务部、医疗部、防卫部九个部门。
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其中，直属于水影的暗部，除了常设的几个分队之外，审讯班、结界班，暗号班、通讯班也一并统归于暗部部长管辖，而忍刀七人众作为水影的影卫队，同时也是雾隐村最精锐的特殊部队，则是从暗部中独立了出来，归为防卫部管辖，并且驻地也更改为了放置空间通道的1号演习场。
并且，清司也在逐渐的将地下换金所的情报渠道，同暗部进行合并，对于暗部部长剑，清司给予了他充分的信任，地下换金所那边，现在已经全部交给剑去进行对接了。
行政部作为水影的辅政机构，由长老元师作为部长进行统筹，其余长老各自负责其中的一项，主要帮助水影对雾隐村的事务进行管理。
任务部是清司从行政部独立出来的，由水影辅佐矢仓出任部长，专门负责处理村内所有的任务事宜，并且新设立了一个任务贡献体系，所有的雾隐忍者，无论是平民忍者亦或是家族忍者，只要对雾隐村做出足够的贡献，都能从任务部中凭借其获得的贡献值兑换清司拿出来的各种忍术。
警务部由被清司从暗部中召回的大筒木天心担任部长，负责制定雾隐村的法律法规，并且维持雾隐村内部的治安和稳定，可以说，一切发生在雾隐村内部的事务，除了间谍之事归属于暗部，其余都在警务部的管辖范围之内。
教育部由清司亲自兼任部长，主要负责的就是雾隐村的教育问题，除了培养忍者，忍者学校也会对其他各种人才进行教育培训，这样，雾隐村的发展才能越来越繁盛。
除此之外，教育部之下还设置了一个科研实验室，清司已经将三途阿玛多招了回来，将其任命为实验室的负责人，专门负责各种查克拉科技的研发。
医疗部由水影秘书鬼灯千乃担任部长，雾隐医院的院长，林檎美奈子担任副部长，负责建设雾隐村的医疗体系和医疗忍者的后续培养。
外务部由有着丰富经验的三代水影冰担任部长，主要负责雾隐村的对外事务，和其他忍村进行沟通，当然，也包括和水之国方面进行沟通。
防卫部作为管理村子武力的部门，同样是由清司兼任部长，但实际上是由照美、宫岛、藤原、漩涡、辉夜等血继家族的族长以及忍刀七人众现任队长西瓜山河豚鬼共同组成的防卫委员会
